蛋白饮料主要是各类乳制品饮料以及植物蛋白饮料，包括鲜奶、酸奶等，蛋白饮料在生产过程中会产生大量清洗废水，含有大量蛋白质；虽然市面上蛋白饮料多种多样，但是其废水性质都很相似，是较易被生物利用的一种废水，因此蛋白饮料废水处理方法主要以生物法为主。

蛋白饮料废水中含有有机物、蛋白质、糖类、酸碱等，不含有重金属等有毒有害物质，COD可以达到2000mg/L。

蛋白饮料废水处理难点有两个：高蛋白含量，高有机物含量；因此处理重点放在氮和有机物两个基本指标上，目前国内外普遍采取的脱氮、除碳方法中，应用广泛的当属生物处理法，生物处理的作用机理包含有机碳的同化作用、有机氮氨化作用、无机氮的硝化和反硝化作用，微生物在废水中摄取所需物质供自身生长和代谢，水中氮和有机物等物质可以同时参与微生物体内的生命活动，经过碳循环和氮循环最终大部分氮和有机物被降解为CO2、H2O2、N2甚至是CH4，少部分以细胞形式留在生物体内，形成活性污泥，多余活性污泥经过沉淀或者过滤等方法从水中分离处理，从而实现净化的目的。

蛋白饮料废水处理在进行生物处理时，需要满足微生物的生长规律及所需物质组分比例的合理性。虽然微生物本身有抗冲击能力，但是超过一定的范围还是会引起生化系统不稳定的问题，引起不稳定的因素通常与企业排水有关，排水时间较集中，水质浓度变化大都是造成系统产生不稳定的原因，因此企业控制废水的产生、排放尤其重要。当稳定控制在活菌数多、代谢产物多的时期，废水的处理效果好。

除了生物法之外，还需要根据不同企业蛋白饮料废水的水质特点，辅以其他处理措施，如以及处理（预处理），确保水质满足生化处理系统的要求，例如高浓度废水和特殊的蛋白饮料废水。根据蛋白饮料废水处理后的去向选择是否需要进行深度处理，深度处理的合理性工艺等等针对性措施。

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