水产养殖废水中首要的污染物有氨氮、亚硝酸盐、有机污染物、磷及污损生物。国内外现已开展了许多水产养殖废水处理方法，其间包含物理、化学处理办法和生物膜法、耐盐植物处理法、人工湿地处理法、沉淀-贝类过滤-藻类吸附的归纳处理法等。此外，还有专门针对悬浮颗粒物的处理办法。

1、物理处理法

根据水体及水体中污染物的理化性质，采纳曝气、过滤、沉淀、吸附、气浮等办法净化水质，除掉水中悬浮物质或有害气体。

2、化学处理法

利用化学反应来处理水中的污染物或悬浮胶粒。包含絮凝、中和、络合、氧化还原、消毒等办法。

3、生物办法

利用微生物和自养性植物(如绿色藻类、高等水生植物)改良水质，有助于避免残饵与代谢产物积累所引起的水质损坏。

3.1活性污泥法

活性污泥法中活性污泥由细菌、原生动物等组成，常见的有酵母、霉菌、草履虫等。该法的使用前史较长，原理、办法及工艺技术现已成熟，使用于养殖水处理，去向氮磷的效果比较好，但该法占地大，发生的污泥如处理不好会发生二次污染，而且运行费用高。

现有的生物法中，活性污泥法只在盐度不高的状况下有比较抱负的效果，不适于处理海水养殖废水。

3.2高效菌

虽然改善水质的办法很多，但因为上述办法都有一定的缺点，不尽善尽美。所以，在养殖池中施放有益微生物，让其参与养殖池的生态循环，一方面可改善水体质量，铲除有机废物;另一方面可抑制、排斥病原微生物的繁衍生长，到达防治病害的目的。目前，有益菌作为水产净化剂已是水产养殖的必备，使用范围极其广泛。微生态制剂可有用降解有机污染物的细菌有假单胞菌、枯草芽孢杆菌、多粘球菌、硝化细菌、肠道菌群等，它们发挥氧化、氨化、硝化、反硝化、解磷、硫化、固氮等效果，将动物的排泄物、残存饲料、浮游生物残体、化学药物等迅速分解为CO2、硝酸盐、磷酸盐、硫酸盐等，是物质循环活动不行缺少的部分。微生态制剂在水产养殖水质净化中的效益是潜在的、长期的，是未来研究、开展和使用的首要方向，其远景十分广阔。

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