在工业污水处理工程中电渗析器能脱盐主要因为含盐废水在阴、阳离子交换膜及隔板组合而成的电渗析槽中间流过时，在有直流电场的作用下，阴、阳离子发生迁移，阴、阳离子分别经过阴、阳离子交换膜，从而能达到去除盐的效果。

在含盐废水处理中多层电渗析槽则由隔板与阴、阳离子交换膜互相交错布置形成的。离子交换膜有着离子选择透过性使得阳离子交换膜只能让阳离子穿过，阴离子交换膜只能让阴离子通过，有着离子筛作用，阴、阳离子交换膜为什么会有选择透过性呢？是因为在膜上有着离子交换树脂分子键，分子键间有能使离子进出的孔隙。

在含盐废水处理中阳膜为磺酸根带负电荷，在孔隙中形成负电场，负电场则可以使带正电荷的离子（如钠离子）进入和穿过，而由于同种电荷互相相斥的原理，则带有负电荷的离子（如氯离子）不能通过。阴膜带有正电荷的季铵基，在孔隙中构成正电场，排斥带有正电荷的离子（如钠离子），而允许带有负电荷的离子（如氯离子）通过。

在含盐废水处理中由于多层式电渗析槽具有选择性的离子交换膜及隔板交错排列，在阳膜与阴膜形成的电场力作用下，由于异性相吸的原理，阳离子则会移动至阴极，阴离子则会移动至阳极，如果一个隔室阳极的一侧是阳膜，阴极的一侧是阴膜，则会使与基团相同电性的离子受到排斥，阴、阳离子不能穿过交换膜，相反，邻近层的离子却能进人。由于离子的迁移，电渗析器的一边为脱盐水而另一边就为浓缩水，分别进入隔板边缘的孔道收集起来形成浓、淡水系统，从而达到脱盐目的。

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