目前，国内外对抗生素制药废水处理工艺已经基本定型，主要分为物化处理和生化处理。物化处理的主要作用是降解难分解的大分子有机物，能够让废水在进人生物处理工段后能够更高效率地被微生物吸收利用，其次是失活分解废水中的残余抗生素，可以有效地避免对后期的生物处理产生不利影响；生化系统是抗生素废水处理的主要工艺，主要降解水中有机物的浓度。

抗生素制药废水处理工程的废水水质特点使得多数制药废水单独采用生化法处理根本无法达标，所以在生化处理前须进行必要的预处理。一般应设调节池，调节水质水量和pH，且根据实际情况采用某种物化或化学法作为预处理工序，以降低水中的SS、盐度及部分COD，减少废水中的生物抑制性物质，并提高废水的可降解性，以利于废水的后续生化处理。

抗生素制药废水处理工艺预处理后的废水，可根据其水质特征选取某种厌氧和好氧工艺进行处理，若出水要求较高，好氧处理工艺后还需继续进行后处理。具体工艺的选择应综合考虑废水的性质、工艺的处理效果、基建投资及运行维护等因素，做到技术可行、经济合理。总的工艺路线为预处理一厌氧一好氧一(后处理)组合工艺。

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