生物制药废水可分为提取废水、洗涤废水和其他废水。废水中污染物的主要成分是发酵残余的营养物,如糖类、蛋白脂、脂肪和无机盐类(Ca²⁺、Mg²⁺、K⁺、Na⁺、SO₄²⁺ HPO²、C^-、C₂O₄^2-等),其中包括酸、碱、有机溶剂和化工原料等。以7ACA头孢噻吩的生产为例,其生产流程主要由发酵、提炼、裂解与缩合四个步骤组成,在每个步骤中又包括苦于个单元操作。

(1)提取废水：提取废水是经提取有用物质后的发酵残液,所以有时也叫发酵废水。含大量未被利用的有机组分及其分解产物,为该类废水的主要污染源。该废水中如果不含有终成品,BOD₅一般在4000-13000mg/L之间。当发酵过程不正常,发酵罐体内出现染菌现象时,导致整个发酵过程失败,因此为保证下一步的正常生产,必须将废发酵液与染菌丝体一起排放废水中,从而增大废水中有机物及抗生素类药物的浓度,使废水中COD、BOD₅值出现波动高峰,一般废水的BOD5可高达(2-3)×104mg/L。另外,在发酵过程中由于工艺需要采用一些化工原料,废水中也含有一定的酸、碱和有机溶剂等。

(2)洗涤废水:洗涤废水来源于发酵罐的清洗、分离机的清洗及其他清洗工段和洗地面等,水质一般与提取废水(发酵残液)相似,但浓度低,一般COD为500-2500mg/L,BOD为200～1500mg/L。 

(3)其他废水:生物制药厂大多有冷却水排放。一般污染段浓度不大,可直接排放,回用则更好。有些药厂还有酸、碱废水,经简单中和可达标排放。 

在生物制药废水中,维生素C生产废水有机污染也十分严重,综合废水的COD含量可达80000～10000mg/L,含甲醇、乙醇、甲酸、蛋白质、古龙酸、磷酸盐等物质,废水偏酸性。

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