原料药厂废水处理深度处理方法主要有生物法、化学法和物理法三种方法。

生物法是指利用微生物对废水中的有机物进行降解和转化的方法。这种方法通常采用活性污泥法、生物膜法、生物接触氧化法等。其中，活性污泥法是废水处理常用的一种方法，它通过将废水与一定量的活性污泥混合，使微生物在一定条件下进行生长和代谢，从而将废水中的有机物转化为无机物，达到净化废水的目的。生物法具有处理效果好、成本低、操作简单等优点，但也存在着对温度、pH值等环境条件的要求较高、处理效率受到废水中有毒物质的影响等缺点。

化学法是指利用化学反应将废水中的有机物转化为无机物的方法。这种方法通常采用氧化法、还原法、沉淀法等。其中，氧化法是废水处理常用的一种方法，它通过加入氧化剂，如氯气、臭氧、过氧化氢等，使废水中的有机物氧化为无机物，从而达到净化废水的目的。化学法具有处理效率高、处理时间短、对环境条件要求低等优点，但也存在着成本较高、对操作人员要求高等缺点。

物理法是指利用物理原理将废水中的有机物与无机物分离的方法。这种方法通常采用吸附法、膜分离法、离子交换法等。其中，膜分离法是废水处理常用的一种方法，它通过利用膜的选择性通透性，将废水中的有机物、无机物等分离出来，从而达到净化废水的目的。物理法具有处理效果稳定、对环境条件要求低、操作简单等优点，但也存在着成本较高、对膜的选择性要求高等缺点。

综上所述，原料药厂废水处理深度处理方法有生物法、化学法和物理法三种方法，每种方法都有其优缺点，需要根据具体情况选择合适的方法进行处理。

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