制药废水处理工程中包括抗生素生产废水、合成药物生产废水、中成药生产废水以及制剂生产过程的洗涤水和冲洗废水四大类。

抗生素废水色度偏高、含多种生物难降解及有毒物质，且废水中残留的抗生素会对环境造成潜在的影响。

中成药生产废水中大多含多环芳烃类物质，COD最高可达上千mg/L，废水水质水量变化大。

合成药物生产废水组分复杂，有机污染物浓度高，且含有大量有毒有害物质，对生物活性具有较大的抑制作用，处理难度大。

制药废水处理工程在生产过程中的洗涤水和冲洗废水，相比于其他制药过程产生的废水而言，它的有毒有害物质的浓度大大降低，处理难度相对容易许多，可将其与其他生产废水一同处理。

以上多种制药废水未经处理就直接排放进入环境，将造成很严重的危害。其中难降解有机物含量多，且大多具有较强的毒性，这些难降解污染物排入水体后，长时间残留在水体中，并通过食物链积累、富集，最终进入人体产生毒性。当有机物含量过大，生物氧化分解所消耗氧的速率超过复氧速率时，将使水体缺氧，从而造成水体中好氧水生物死亡，使厌氧微生物消化产生甲烷、硫化氢等物质，进一步抑制水生生物，使水体发臭。另外，药剂本身残留物及其合成过程中产生的半成品往往具有一定的杀菌或抑菌作用，从影响水体中细菌、藻类等微生物的新陈代谢，并最终破坏整个生态系统的平衡。

制药废水处理难点在于废水中的某些成分有可能抑制微生物的生长，进一步降低废水的可生化性，使出水不符合排放标准。因此，提高可生化性是制药废水处理过程中面临的首要问题。目前，制药废水的处理方法主要有物理化学法、化学法和生化法以及组合处理工艺。

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