制药工业污水污染物排放标准除控制常规因子外,还要针对各类制药生产的具体情况,对特征污染因子加以控制,否则也将对生态环境和人体健康造成严重危害，制药工业污水污染物排放标准的控制指标包括以下三类。

(1)常规污染物：TOC、COD、BOD₅、SS、pH、氨氮、色度、急性毒性。

(2)特征污染物：总汞、总镉、烷基汞、六价铬、总砷、总铅、总镍、总铜、总锌、氰化物、挥发酚、硫化物、硝基苯类、苯胺类、二氯甲烷。

（3)总量控制指标单位产品基准排水量。

随着我国制药工业的发展,制药工业污染物按照《污水综合排放标准》(GB8978-1996)已不能适应制药企业发展和环境管理的需要,新的《制药工业水污染排放标准》于2008年8月1日起开始实施,但在执行上对新建企业和现有企业作了区别对待。

现有企业于2009年1月1日起开始执行规定的水污染物排放限值,自2010年7月1日起执行新建企业于2008年8月1日开始执行的水污染物排放限值。而在国土开发密度较高、环境承载能力开始减弱或环境容量较小、生态环境脆弱而容易发生严重水环境污染问题需要采取特别保护措施的地区,现有和新建制药企业均应执行水污染物特别排放限值;执行水污染物特别排放限值的地域范围和时间,由国务院环境保护主管部门或省级人民政府规定。由此可见,我国对新建制药企业提高了行业环保的准入门槛,而对现有制药企业废水排放有期限地要求达到愈加严格的限值标准。

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