市场上药品的种类繁多、各药厂的生产规模也不同、药厂所应用的制药工业污水处理方法也不同，产生的污水量也不同，产品也会随着原药材的季节供应及市场销售情况发生变化。
制药企业产生的废水因为持续不定期排放，污水成分复杂，COD 浓度变化大，常含较高浓度的氨氮，污染物浓度高，废水中含有大量难降解的有机污染物、有毒物质等，这些物质抑制了制药废水处理中某些微生物的生长，影制约了废水的处理效果，对厂区周边环境及水资源产生了污染，对人类和生物也造成危害，同时使制药产业的发展受到了限制。
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目前国内的制药处理方法大多采用调节、混凝、曝气、厌氧、膜分离等物理化学技术和生化技术的组合工艺，如：水解酸化法、间歇式序批活性污泥法 SBR 工艺、吸附法、膜处理技术、组合处理工艺、电解法、催化氧化法等。
近年新型的制药处理技术有磁分离技术、辐射技术、光化学催化氧化等。目前对制药工业废水的特殊性认识高度还不是很够，处理的标准及效果还是欠佳，废水处理设施的占地面积大、投资较大，处理效果不够高标准排放，回收利用率不高，环境和经济效应达不到互相平衡的状态。随着国家对工业废水排放标准的不断提高，地方企业对制药厂区环保治理有很大压力的同时，也不断地在改进与提高。
现代制药废水处理方法有物化处理、生化处理、化学处理及物理化学法。物理处理法是通过物理作用，分离回收污水中的不溶解、悬浮物质，不可以改变其化学性质，有过滤法、沉淀法、浮选法。对污染物的去除率不高，但是费用较小；
化学处理是向污水中加入化学试剂，利用化学反应来分离、转化降解、回收污水中的污染物。常用的化学方法有：化学沉淀法、中和法、氧化还原法、混凝法。比物理法处理干净，但成本高，也容易对环境造成二次污染；物理化学法是利用萃取、吸附、离子交换、膜分离技术、气提等物理化学原理来处理，可分离污水中的有机或无机的溶解态或胶状污染物，常用的方法是萃取法、吸附法、离子交换法、膜析法。适合处理浓度很高的废水；
生化处理法是利用微生物作用，氧化分解污水中的有机物为无机物，分为好氧生物处理和厌氧生物处理。效果好且运行费用低，是目前制药废水处理较为理想的方法，在城市废水和工业废水中应用广泛。
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