反渗透系统进水水源分为地下水、地表水、污水处理厂出水等，进水中含有各种污染物质，反渗透膜污染的原因取决于进水中污染物的种类、性质和浓度及反渗透膜的种类。
针对不同的原水水质，分析反渗透膜污染类型及产生的原因，采取有效的预处理及预防措施，可有效的预防、延缓反渗透膜的污染；另外对于高污染水源可以选用宽流道、给水阻力较小，能耗低的抗污染膜来降低膜组件的污染和减少化学清洗的次数。
反渗透膜污染的原因主要包括物理污染、化学污染、有机物污染三大类。物理污染是原(废、污)水中的金属(如铁、锰等金属氧化物)、非金属、胶体污染物在膜表面的沉积、堵塞膜孔；化学污染是指膜孔内吸附的有害化学成分；有机污染物是由细菌粘泥、真菌、霉菌、有机物等在膜表面及膜孔内粘附形成的污染。能够引起反渗透膜污染的物质中污染物尤其是有机物在膜表面和膜孔内的吸附所引起的通量衰减及分离能力的降低，是造成膜通量衰减的主要原因。
反渗透膜清洗方法可分为二类： 1、物理法：物理清洗是用机械方法从膜面上脱除污染物，这些方法包括：正方向冲洗法、变方向冲洗法、反压冲洗法、振动清洗法、排气冲水法、空气喷射法、二氧化碳清洗法和自动海绵球清洗法等，其中变方向冲洗法是物理清洗法中较为有效的清洗方法。
2、化学法：化学清洗通常使用化学清洗剂进行清洗，如稀酸、稀碱、酶、表面活性剂、结合剂等。酸类清洗剂，可以溶解除去矿物质及DNA。柠檬酸、EDTA之类化学剂可用于除垢和碱性污染物。Biz、Uitrasol 之类去垢剂可有效去除生物污染。
反渗透膜的化学清洗是反渗透装置运行维护中的一个重要环节，它直接影响着反渗透膜的使用性能和使用寿命在系统的运行中，尽管选择了适宜的操作条件，但随着运行时间的增加，膜组内的微生物、有机物和无机杂质颗粒会不可避免的污堵膜表面，使反渗透膜发生污堵，造成系统产水量下降及脱盐率下降等情况。因此必须采取一定的清洗方法，以去除膜面及膜孔内的污染物，达到恢复透水量、延长膜使用寿命的目的。
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