制药废水首先经格栅，去除其中较大的漂浮物，以保证后续构筑物和设备的正常运行。然后通过提升泵进入水解酸化调节池，均和水质和水量，并降解一部分CODcr和色度。固体物质降解为溶解性物质，大分子物质降解为小分子物质。然后自流进入生物接触氧化池，在这里污水进行好氧生化反应，在生物接触氧化池内安装半软性填料通过曝气，采用液下曝气机进行充氧和搅拌，使有机污染物降解完成制药工业废水处理。在进入沉淀前加入药剂使脱落的生物膜和细小悬浮物在沉淀池中沉淀。蕞后经过活性炭过滤去除水中残余色度和有机物，从而达标排放。
废水流经附着在魔物体上的生物膜来处理废水的方法为生物膜法。这种处理方法是使细菌和原生动物、后生动物一类的微生物在滤料或某些载体上生长、繁育，形成膜状生物性污泥——生物膜。通过与废水的接触，生物膜上的微生物摄取废水中的有机污染物作为营养，使废水得以净化。生物魔法是废水处理的另一种方法，通过选择合适的载体，可提高处理能力，生物膜法包括生物接触氧化法、生物转盘法、生物过滤法和地埋式生物接触氧化法。
生物膜处理法的各种工艺，对流入原废水水质、水量的变化都具有较强的适应性，这种现象已为多数运行的实际设备所证实，即使中断进水，对生物膜的净化功能也不会造成致命的影响，通水后能够较快的予以恢复。
生物接触氧化法在池内设有填料，部分微生物以生物膜的形式附着生长于填料表面，部分则是絮状悬浮生长于水中。因此，
它兼有活性污泥法与生物滤池二者的特点。生物接触氧化中微生物所需的氧通过人工曝气供给。生物膜生长至一定厚度后，近填料壁的微生物将由于缺氧而进行厌氧代谢，产生的气体及曝气形成的冲刷作用会造成生物膜的脱落，并促进新生膜的生长，形成生物膜的新陈代谢，脱落的生物膜将随出水流出池外。
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