（1）工业污水处理工程中由于厌氧类型的微生物代谢和繁殖较为缓慢，所以为了增殖构筑物中生物量要花费较长时间去培养，因而厌氧处理工艺启动时间长，水力停留时间一般都比好氧处理方法长；
（2）一般情况下，工业污水处理工程中厌氧微生物处理法出水水质都不能符合排放标准的要求，需要更进一步处理，因此在厌氧微生物处理法后面需要配合好氧处理工艺一起使用；
（3）工业污水处理工程中厌氧法生物处理工艺流程比好氧的工艺复杂，操作和管理比较复杂；
（4）厌氧类型微生物虽然可以在较低的温度下生存，但活性较差，废水温度低时对处理效果的影响很大，为了保证废水的处理效果往往需要用外热源加热，需要将水温加热，一般中温的厌氧类型的微生物处理废水的佳温度（35~38摄氏度）；
（5）厌氧类型的微生物在处理含有硫化物的废水时，会产生硫化氢，硫化氢是一种具有难闻的气味的气体，而且部硫化氢会引起管道及污水站的其他设备的腐蚀；
（6）厌氧类型的微生物处理对废水没有硝化作用，为了保证厌氧类型的微生物较高的生物活性，要求NH4+浓度在40到70毫克每升。同时这也决定了单纯只采用厌氧的处理方法是无法处理高氨氮的废水。
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