工业污水处理基本工艺流程包括三部分：预处理+生化处理+深度处理或消毒。污水的预处理一般是采用物理或化学的手段去除水中的杂质和部分污染物，常用的方法有格栅、沉砂池和混凝沉淀等。生化处理则可分为两种，好氧生物法和厌氧生物法，其中采用厌氧生物处理法的污水处理工艺，后段会联合好氧生物法以保证出水能够达标。污水经过生化处理后，根据出水的排放标准达标排放，或者有回用需求进行深度处理并消毒，就可当回用水使用了。
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工业污水处理工程的调试工作就是使整个污水处理系统的所有设备能够正常运行并且出水能够达标。对于预处理和深度处理的调试主要是调节环保机械设备的加药量和运行参数，调试所需的时间并不长。
工业污水处理工程的调试工作重要的任务是生化处理系统的调试，使生化系统培养出能够高效分解水中污染的菌种，这个过程比较缓慢。污水处理的生化处理过程其实就是靠生长在水中以污染物为食的微生物分解污染物的过程，这个过程因为处理污水的水质不同其中生长的微生物的组成和数量也不尽相同。
一般的，采用好氧生物处理的生化池中常见的微生物有产碱杆菌属、黄杆菌属、芽孢杆菌属、假单胞杆菌属、无色杆菌属、微杆菌属、动胶杆菌属、微球菌属、气杆菌属、节杆菌属、棒状杆菌属、丛毛单胞菌属、杆菌属、诺卡氏菌属、球衣细菌属、短杆菌属、亚硝化单胞菌属、蛭弧菌属、粪大肠菌属、贝氏硫菌属、柄细菌属、噬纤维菌属等，此外还有一些真菌、原生动物和后生动物。
存在于厌氧处理系统的微生物种类比好氧处理要少得多，主要分为两大类，即兼性好氧菌，包括产黄纤维单胞菌、淀粉芽孢梭菌、蜡状芽孢杆菌、丙酮丁醇芽孢梭菌、琥珀酸拟杆菌等；专性厌氧菌的有脱硫弧菌属、硝酸盐还原细菌、脱氮硫杆菌、脱氮极毛杆菌、脱硫肠状菌属、产甲烷杆菌属、产甲烷球菌属、产甲烷吧叠球菌属、产甲烷螺菌属等。
对于不同水质的污水，在其中占据优势的微生物的种类也不同，生化系统的调试过程就是通过控制进水筛选培养出能够适应相应污水的高效菌种。
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