根据制药污水的水质特点，制药污水处理应将其作为生化处理的预处理或后处理工艺。目前制药污水处理方法主要有混凝法、气浮法、吸附法、氨汽提法、电解法、离子交换法和膜分离法。
1、气浮法
气浮方法通常包括各种形式，例如曝气气浮，溶气浮选，化学气浮和电解气浮。制药污水经CAF涡旋气浮装置预处理。在适当的药剂下，COD的平均去除率约为20%。
2、吸附法
常用的吸附剂有活性炭、活性煤、腐植酸、吸附树脂等。采用粉煤灰吸附两级好氧生物处理工艺处理污水。结果表明，吸附预处理对污水中COD的去除率为43%，BOD5/COD值有所提高。
3、混凝法
该技术是一种广泛应用于国内外的水质制药污水处理方法。广泛用于医药污水的预处理和后处理，如中药污水的硫酸铝和硫酸铁。有效的凝血治疗的关键在于选择和添加性能优良的凝血剂。近年来，混凝剂的发展方向是从低分子到聚合物聚合物，从单组分功能到复杂发展。"刘明华"等人用其研制的高效复合絮凝剂f-1处理了紧急糖浆生产的污水。在ph 7.0和絮凝剂剂量为300毫克/升时，废液的鳕鱼、SS和色度去除率分别达到69.9、96.8和88.8，其性能明显优于粉状活性炭、聚丙烯酰胺等单一絮凝剂。
4、膜分离法
膜技术包括反渗透技术、纳滤膜技术和纤维膜技术，可以回收有用的物质，降低有机物的排放总量。该工艺的主要特点是设备简单，操作方便，无相变和化学变化，处理效率高，节能。采用纳滤膜分离林可霉素污水。结果表明，林可霉素对污水中微生物的抑制作用减弱，林可霉素可以回收利用。
5、电解法
该方法制药污水处理污水具有效率高、操作方便等优点。同时，电解法具有良好的电解效果。电解预处理后，COD、SS和COD的去除率分别为72%、84%和67%。
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