与一般的工业污水处理相比，对于抗菌素生产废水也采用物化法和生物技术工艺或两者联合进行处理。抗菌素废水从整体上看污染物以有机物为主，虽然含有难生物降解和抑制微生物生长的物质，但一般经过适当预处理和菌种驯化，用生物法可以取得良好的处理效果。其中生物处理方法是较主要的处理方法，包括厌氧法、好氧法、厌氧—好氧联合法。下面漓源环保为您简单介绍几种常用的生物处理方法。
厌氧生物处理技术在抗菌素制药废水处理中的成功应用，对抗菌素的生物处理起到了极大地推动作用。厌氧处理技术是一种有效的去除有机污染物并使其矿化的技术，它将有机物转化为甲烷和二氧化碳等气体。厌氧处理与好氧处理相比有许多优点:对于高、中浓度废水，厌氧处理比好氧处理运转费用要便宜得多，而且可以回收沼气，是种产能工艺:处理污水所需反应器体积更小;其能耗低(约为好氧处理工艺的10%～15%），污泥产量小(约为好氧处理工艺的10～15%）;同时，它对营养物的需求低。
目前所用的厌氧反应器主要分为7种类型，即普通厌氧消化池、升流式厌氧污泥床(UASB)反应器、厌氧接触工艺、厌氧滤池、厌氧颗粒污泥膨胀床(CEGSB),厌氧流化床反应器和厌氧复合反应器以及厌氧生物转盘等等。目前用于抗菌素制药废水生产性规模应用较为成功的是UASB、水解法等，而其它方法应用不多的原因是对其设计、运行研究不够，缺乏对各类抗菌素废水成份的全面分析和所含化合物厌氧生物毒性的研究。
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