在污水处理系统中一定的范围内，微生物会受到温度的影响。同样，对厌氧技术追求高的环保技术人员，对于厌氧池的温度一般控制在中温厌氧的情况下为35-36度。但温度一旦过低或过高，会产生很直观的影响就是污水处理效率过低。
随着温度的升高，虽然不利于氧向水中的转移，却可以加快生化反应速率，但由于微生物细胞组织中的蛋白质、核酸等对温度变化速率很敏感，当温度突然升高的时候，升高的速率超过一定的限度时，就会产生蛋白质以及核算的不可逆破坏，导致污水处理效果变差。
相比之下，厌氧温度降低，氧向水中转移逐渐增加，厌氧池中溶解氧增加，厌氧处理效果低。
相比之下，对于好氧池来说。水温对氧的转移影响较大，水温上升，水的粘滞性降低，扩散系数提高，液膜厚度随之降低，KLa值增高，这会促进氧转移。水温降低有利于氧的转移，从而就导致溶解氧增多，好氧池出水效果变好。水温升高，即使增大鼓风机曝气量，水温高，溶解氧就会降低。举个例子，就好像我们为什么将自来水煮沸才喝，就是对自来水的加热从而达到蒸发自来水中的氯气的效果，以免氯气含量过多中毒。同时也会对微生物组织的蛋白质、核酸等进行破坏，从而导致微生物死亡的情况出现。
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