工业污水处理的随着MBR在实际运行中膜污染的问题出现，有的学者在研究此问题时指出，在MBR中，由于膜组件与活性污泥混合液的直接接触，在膜组件表面生长出生物膜是不可避免的，也就是说膜污染的问题是不可避免的，膜污染在导致膜通量下降的同时也使出水水质变差。
1、生物填料-MBR
在MBR中投加填料，微生物附着在填料表面生长、繁殖形成生物膜。相较于传统的MBR而言，填料上微生物种类更加丰富，提高了反应器对有机物的去除率，具有更强的适应性和稳定性以及较强的抗冲击负荷能力，同时也减少了悬浮的微生物，而且有些填料对胞外聚合物和某些溶解性产物等容易引起膜污染类的物质有吸附作用，这样有利于减少膜污染，减缓膜通量的下降速度。
2、粉末活性炭-MBR
粉末活性炭(PAC)是一种多孔性物质，具有巨大的比表面积和发达的内部孔隙，适合微生物的附着、固定和生长，利用其良好的吸附性能和微生物降解作用可有效去除可溶性有机物，同时也能减轻膜的污染，降低膜的阻力。在MBR中投加适量的活性炭，可吸附去除微小的生物絮凝体和胞外聚合物、微细胶体、溶解性有机物等，同时微生物在活性炭表面附着生长，培养一段时间后，在反应器内可形成吸附和生物降解能力更强的生物活性炭(BAC)，它集吸附、有机物的生物降解和膜分离技术为一体，简洁、高效。
3、移动床-MBR
相比较于常用的载体如蜂窝载体、软性载体、半软性载体及复合载体等固定型载体，悬浮填料比重接近于水，无需固定支架，在池中可随曝气搅拌悬浮于水中并全池均匀流化。移动床-MBR是在传统的MBR基础上发展起来的一种组合新工艺，以附着在悬浮填料表面生长的微生物代替传统MBR中的活性污泥。通常设置隔板将反应器分为移动床区和膜区，防止填料停留堆积在膜组件附近，影响填料的移动，通过曝气使填料在反应器内移动，废水通过填料的吸附作用以及在填料表面生长的微生物的降解作用得到处理净化，然后流进膜区进行分离。
4、好氧颗粒污泥-MBR
好氧颗粒污泥在近年来受到重视，引起了学者们的关注，它具有沉降性能好，而且能在反应器内保持较高的生物量。此法是在MBR中培养出好氧颗粒污泥，代替MBR中的絮状活性污泥处理废水。
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