工业废水处理中，微生物絮凝剂主要是通过微生物培养、发酵、提取、精制后的一种产物，由于生产制作来源于微生物体，这种絮凝剂安全性较高、无毒无害，能够解决其他絮凝剂不可二次回收利用、污泥处置费高等问题。
其他非微生物絮凝剂根据成分分类，主要分为无机絮凝剂以及有机高分子絮凝剂。非微生物絮凝剂多数含有金属离子，产生的絮凝体含有大量金属盐，与微生物絮凝剂由多聚糖类等成分组成的无害特性相比，这种含金属盐絮凝体脱水后形成的污泥一是会产生二次污染，污染环境，二是需要外运处理，会造成污泥处置费用的产生，给企业增加运行成本；这对于一些食品厂的资源回收利用来说是个问题，既要找到一种有效分离出资源的方法，又要求绿色无毒害，这就发展出了微生物絮凝剂。
例如豆制品废水中大量豆渣，通常是以不溶性的固体悬浮物存在，在经过腐败后形成溶解性有机物前，可利用微生物絮凝剂将这些固体物质分离出来，经过分离处理产生的泥渣对人体和动物无任何危害，可以进行回收利用，用于制作饲料、肥料等等，这些废水的有机物的含量较高，回收价值也较高；经过回收之后的资源得到利用、产生经济价值，同时又能够降低废水污染物浓度，减少废水处理运行成本。
在水处理中，虽然絮凝剂会带入新的污染，但是微生物絮凝剂的成分具有可生化性，不含金属离子以及一些难降解分子，不会对废水处理增加难度。再者其絮凝效果较好，速率大，种类多，转换的能力强，而且生长繁殖以较快，生长周期短。从处理能力上看，微生物絮凝剂也具有其他非生物絮凝剂的特点，可去除废水中的有机物、进行脱色、进行油水分离。
另外，若废水中含有有毒物质时，其处理效率就会受到干扰和影响，并且用量较大，成本也较高。所以，微生物絮凝剂的使用还是要根据实际水质来决定是否使用，建议寻找专业的环保公司进行检测。
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