化学合成类制药废水是制药废水处理行业中的重点和难点。它不仅具有制药废水污染物浓度高、水量大、组分复杂，且含有的难降解物质多，可生化性差的特点。相比其他类型的制药生产，化学合成类制药产品在生产工艺上看，主要以化学合成为主，参与合成的物质种类多、合成步骤多，特别复杂、繁琐，但是利用率极低，因此投入原料多，产出少，造成较多的物质进入废水中。
总结起来，化学合成类制药废水的特点是高盐、高浓度有机含量、高氨氮、高磷、高硫，还含有重金属。化学合成类制药废水含有的难生物降解物质和生物抑制物多，相比其他类型的废水，如发酵类制药废水、混装制剂类制药废水、生物制药废水等的废水处理要来得困难，可想而知化学合成类制药废水对环境危害很大。
化学合成类制药废水很难采用直接生化法，因此常规处理主要以生化处理为主，物化处理为辅。这里说的物化处理主要分为预处理和深度处理，其主要作用为：
1、预处理：满足后续生化要求、提高废水可生化性、加大生化处理效率；
2、深度处理：进一步去除生化难以降解、残留的污染物。
首先，预处理第一步要做的就是清污分流、分类收集，将高、低浓度废水分开，再单独进行适当预处理。预处理工艺的具体选用，应从不同企业车间条件，产品实际水质、水量特征，处理指标及范围，工程费用、进度，当地环境等多方面结合小试、中试进行考虑和研究，切忌只要一种方法在某地应用成功，便一概予以肯定而加以采用。
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