微生物处理污水是在工业污水处理中的污水投放大量有效微生物菌种，促使水体本身快速形成一个平衡的生态系统，其中不仅有分解者生物、生产者生物、还有消费者生物，三者分工协作，对污水中的污染物进行更有效的处理与利用，并由此可形成许多条食物链，构成纵横交错的食物网生态系统。如果在各营养级之间保持适宜的数量比和能量比，就可建立良好稳定的生态平衡系统。当一定量的污水进入这种生态体系中，其中的有机污染物不仅被细菌和真菌降解净化，而其降解的产物，一些无机化合物作为碳源、氮源和磷源，以太阳能为初始能源，参与食物网中的新陈代谢过程，并从低营养级到高营养级逐级迁移转化，转变成水生作物、鱼、虾、蚌、鹅、鸭等高级的生命体产物，而且通过人们的不断的取走和加入的措施来保持水体的综合生态平衡，增加水景的美观自然，达到防治水体的富营养化的目的。
原理：利用微生物处理污水实际就是通过微生物的新陈代谢活动,将污水中的有机物分解，从而达到净化污水的目的.微生物能从污水中摄取糖，蛋白质，脂肪，淀粉及其它低分子化合物。微生物新陈代谢类型有需氧型和厌氧型两种，因此，净化方法分为好氧净化和厌氧净化。
微生物处理污水主要去除污水中呈胶体和溶解状态的有机污染物质(BOD、COD物质)，去除率可达90%以上，使有机污染物达到排放标准。
（1）BOD即“生化需氧量”或“生物需氧量”，是水中有机物含量的一个间接指标。一般指在1L污水或待测水样中所含有的一部分易氧化的有机物，当微生物对其氧化、分解时，所消耗的水中的溶解氧毫克数（其单位为mg/L）。BOD的测定条件一般规定在20℃下5昼夜，故常用BOD5符号表示。
（2）COD即化学需氧量，是表示水体中有机物含量的简便的间接指标，指1L污水中所含有的有机物在用强氧化剂将它氧化后，所消耗氧的毫克数（单位为mg/L）。常用的化学氧化剂有重铬酸钾或高锰酸钾。其中常用重铬酸钾，由此测得的COD用CODCr表示。
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