工业污水处理的微生物技术主要是利用微生物的代谢反应过程和生物合成产物(包括酶) 对污染环境进行监测、评价、整治以及修复的单一或综合性的现代化人工技术系统。它不仅包含了生物技术所有的特点，还融合了环境污染防治以及其他工程技术，目前已逐步发展成为一种经济效益和环境效益俱佳的、能解决日益严重的(尤其是水污染) 环境问题的有效手段之一。
污水处理微生物菌剂菌种结构单一，当前市场上的污水处理菌剂多样，包括氨氮去除剂、COD降解剂、反硝化菌剂等，它们之中大多只含有1种或2种不同种类的微生物，这些微生物大多是一些常见的微生物种群，对某些特定环境中的易处理的污水能够有较好的效果，而对于一些含有大量难以降解的污染物，比如芳香烃、抗生素等的污水以及极端环境下（比如高盐污水）的处理效果不佳。
对策：开发出功能更强大的超级细菌，在进行专一性降解菌株分离的同时，采用了现代微生物分子生态技术对水处理系统中的微生物种群进行分析，确立水处理系统中微生物的种群结构，从而为分离纯化出专一性降解能力强、可与现有水处理体系中微生物种群共存的菌株或菌群提供依据和支撑。
多种微生物共生技术让3种以上微生物共生一个环境不相互蚕食，快速繁殖。这样避免了微生物处理污染物的单一性，降解更多种类的污染物，微生物菌群根据当地的环境进行培养，使其适应需要处理的环境特性，做到因地制宜，并且确保做好微生物安全性问题。
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