1、污水处理微生物菌剂菌种结构单一
当前市场上的工业污水处理菌剂多样，包括氨氮去除剂、COD降解剂、反硝化菌剂等，它们之中大多只含有1种或2种不同种类的微生物，这些微生物大多是一些常见的微生物种群，对某些特定环境中的易处理的污水能够有较好的效果，而对于一些含有大量难以降解的污染物，比如芳香烃、抗生素等的污水以及极端环境下（比如高盐污水）的处理效果不佳，对于含芳香烃、抗生素及高盐等环境下降解污染物的微生物选择是研究的主要方向。微生源菌种均为复合型菌种，一款产品中含有1到6株菌种，当其中一株菌株收到冲击，其他的菌株一样起作用，以确保系统正常、稳定运行。同时微生源还推出了耐盐型菌种，能承受高5%的盐度。
2、低温条件下微生物作用效率低
微生物发挥作用需要一定的温度条件，对于北方一些低温地区，温度过低往往会影响微生物的繁殖效率、代谢活性，导致微生物对污染物的分解效率降低，导致污水处理成本增加。因此，筛选低温条件下的具有相应降解功能的微生物也是目前研究的热点。微生源创始人也是看到了菌种在低温环境的短板，同时还推出了耐低温型菌种，菌种低温能承受到8℃。
综上所述，微生物在污水处理中的应用前景广阔，与传统的污水处理工艺相比，微生物处理技术更科学、价格更低廉，能够维持长远发展。随着对微生物研究的深化，大量作用效率更高、适应性更强的微生物菌株将被筛选和培育，在对特殊环境，比如对含盐、芳香烃及抗生素等浓度高的污水的处理将会取得一定的进展。
此外，将微生物学与环境生物学、病理学等学科进行结合，可不断提高污水的处理质量和效率，实现污水资源利用的大化，这是未来研究的方向。
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