伴随着制药工业的发展，由此产生的制药废水处理难度也在不断提升。在制药废水的治理上比较常用的方法还是物化法、生化法工艺，然而随着人们对环境标准的不断提高，传统的物化法水处理工艺很难将其处理达标。
物化处理不仅可作为生物处理工序的预处理，还可作为制药废水的单独处理工序或后处理工序。对于不易生化处理或单经生化处理未能达标的制药废水，多采用物化法或化学法。目前用于制药废水处理的物化方法主要有混凝沉淀、吸附、气浮和反渗透等。如单独使用物化法处理制药废水难以达标排放，主要还有成本问题，物化法每天所需大量混凝剂和活性炭等给制药厂带来了严重的负担。
生化处理技术是制药废水广泛采用的处理技术，包括好氧生物法、厌氧生物法、好氧一厌氧等组合方法。目前，国内外好氧处理制药废水比较成熟的方法有活性污泥法、深井曝气法、吸附生物降解法(AB法)、接触氧化法、序批式歇活性污泥法(SBR法)、循环式活性污泥法(CASS法)、膜生物反应器等。SBR工艺处理药废水，可使COD、pH值及挥发酚均达到排放标准。生物膜法和SBR法相结合的废水处理工艺具有较强的耐冲击负荷能力，污泥性能很好，特别适宜于水质、水量波动较大的废水处理，还可有效地处理含有抗生素类的制药废水。生物膜法处理四环素制药废水，驯化后的微生物对废水的处理效率达76.0%，高COD浓度时，配合粉煤灰过滤，COD去除率可达88.0%。其中膜生物反应器由于其工艺流程简化、处理效率高、剩余污泥产量低、出水水质好、设备占地面积小、便于自动控制、管理简便等优点，在制药废水处理中也有广泛应用。
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