在工业污水处理过程中，常常会存在对废水中的病毒的处理。养殖行业废水中常有清洗粪便废水，如病鸡粪便中含有传染性法氏囊炎病毒等。食品、制药和制革废水会产生霉素。生活污水和医院废水中含有肠道病原菌、寄生虫卵、炭疽杆菌、肝炎病毒、轮状病毒、SARS冠状病毒等。就如，每克粪便中约含有104-105个传染辛肝炎病毒。
污水中对病毒的处理可分为一级处理、二级处理和深度处理。
一级处理时主要用物理处理的方法，如过筛、沉砂、隔渣等来去除砂砾、碎纸、塑料袋及硕大的颗粒物如轻质的木块等等固体废物再就是，采用混凝沉淀的方法将废水中的悬浮物以及胶状物聚集到一起，使其沉淀下来。才有一级处理，其去除病毒的效果很差，多去除30%。
二级处理就是采用生物处理方法，通过生物吸附、生物降解和生物絮凝过程去除废水中的有机物、脱氮除磷，二级处理同时也可以对水中的病毒有很好的去除效果，对病毒的去除率高可达99%，病毒被吸附到活性污泥中，由液相转向固相，转变成固相后的病毒随污泥一起沉淀下来。
三级处理是生物处理后进行的深度处理，包括混凝、加药消毒、臭氧消毒、过滤等，可以进一步去除有机物、脱氮和除磷，同时剩余的病毒在深度处理中被逐渐杀灭，从而使病毒滴度的常用对数值下降4~6。
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