在工业污水处理中主要的处理方式可以分为物理处理方式、化学处理方式及生物处理方式。物理处理方式暂且不表，化学处理法以药剂处理为主，常见的化学药剂如混凝剂、絮凝剂、氧化剂、脱色剂、消泡剂等等，能够针对废水中不同的污染物质进行专性处理，它的首要效果是去除固体悬浮物质、除臭脱色等，对难降解有机物具有一定的处理效果，还可用于脱氮除磷等。工艺简单，反应速度快，处理效果理想，对污染物质的作用范围广泛，但污水处理药剂的成本较高，部分化学药剂如混凝剂等还会产生大量污泥，人工操作及运行管理不便。
生物处理便是菌种处理，水处理菌种是根据污水污染物质种类专门培养出来的，对污水具有特别降解能力的菌群，如常见的硝化菌去除有机物、反硝化菌脱氮处理等。菌种是依靠新陈代谢来对废水中的有机物进行分解，因此需要一定的时间让废水与菌种充分混合，才能达到理想的效果，反应时间相比化学处理长，但菌种处理效果显著，成本低廉，运行过程中无需专人看管，使其得以广泛应用。
污水处理药剂和菌种处理各有其特点，总的来说，药剂处理见效快，菌种处理成本低。在实际处理工程中，单一的处理方式往往难以取到良好的效果，特别是高难度有机废水，一般需要采用多种方式联合处理。
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