厌氧反应器在一个工业污水处理系统中是一个重要的单元，一定要确保运行正常。厌氧反应器产气率是一个重要的指标，它反映着反应器的运行是否正常，产气率偏低的主要原因归结为以下几点：
一是进水COD成分发生变化
不同结构的有机物，产生的沼气量是有差异的，一般脂类有机物产气量大，甲烷产量也大；蛋白质产气量少，但甲烷含量高；而碳水化合物产气量少，甲烷含量低。理论产气量可以由厌氧分解计算确定，因此，COD成分发生变化会导致反应器产气率偏低。
二是进水COD浓度发生变化
成分不变的基础上，废水中的COD浓度越低，单位有机物产甲烷率也越低。这是由于甲烷会溶于水，例如进水COD2000mg/L，一百吨水产生70L甲烷，有4.2L溶于水，而进水COD1000mg/L的废水，一百吨水产生35L甲烷，仍有4.2L溶于水，除去容于水部分的甲烷，浓度低的有机废水产气率就越低。
三是沼气中的甲烷含量高
沼气中的甲烷含量越高，溶于水中的甲烷也越多，导致产气率变低。
四是生物相的影响
厌氧反应器内与产甲烷菌有竞争关系的其他菌种如硫酸盐还原菌、反硝化菌占优势，使得甲烷菌活性降低，导致产气率下降。
五是被吸收的COD用于合成生物体细胞的占比大
厌氧消化时用于合成细菌细胞结构的比例存在着差异，用于合成细胞的有机物占比大，转换出来的甲烷量也就下降，沼气产率也就降低了。
六是运行条件发生变化
产甲烷菌的运行条件较苛刻，若水力负荷过大、有机物投配负荷过大、布水不均匀、pH值偏离、保温不好或加热措施失效导致温度波动大、存在有毒物质都会使产甲烷菌活性降低，导致挥发性酸积累，造成厌氧反应器产气率低，加速反应器失效的结果。
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