在工业污水处理中影响反硝化作用的主要因素有碳源、溶解氧、温度、PH值和碱度。
碳源。反硝化细菌所能利用的碳源是多种多样的，但从废水生物处理生物脱角度分为三类，废水中所含的有机碳源、外加碳源、内源碳源。废水中各种有机基质可以作为反硝化过程中的电子供体，当废水中有足够的有机物质，就不必添加碳源。一般实际工程中应控制BOD/TN大于4:1，当废水中碳源过低时，即BOD/TN小于于3:1时，需要另外投加碳源才能达到理想的去除效果。
溶解氧。氧的存在会印制硝酸盐的还原，其原因主要为一方面阻止抑制硝酸盐还原酶的形成，另一方面可作为电子受体，从而竞争性地阻碍了硝酸盐的还原。所以对于生物反硝化系统都必须设立一个不充氧的缺氧池或缺氧区段，以便使硝酸盐通过反硝化的途径转化成气态氮。
温度。反硝化菌对温度变化虽不如硝化菌那样敏感，但反硝化效果也会随着温度变化而变化。温度越高，反硝化速率也就越高，在30-35℃时，反硝化速率增至顶峰。当低于15℃时，反硝化速率明显降低，至5℃时，反硝化作用将趋于停止。因此，在冬季要保证脱氮效果，就必须提高生物膜量。
pH和碱度。反硝化细菌对PH值得变化不如硝化细菌敏感，在pH微6-9的范围内，均能进行正常的生理代谢，但生物反硝化的理想pH值范围为6.5-8.0.当pH值>7.3时反硝化的终产物为N2，当pH值<7.3时反硝化终产物为n2O。由于反硝化细菌对pH范围要求较宽，因为在生物脱氮工艺中，pH值控制的关键在于生物硝化，只要pH值变化不影响硝化的顺利进行，则肯定不会反硝化；反之，当pH值变化对硝化产生较大的影响，使之不能顺利进行时，不管pH值对反硝化是否影响，脱氮效果都不会理想。在生物反硝化工程中将每克NO3--N转化为N2，约产生3.57g碱度，这样可以补偿生物硝化所消耗的碱度的一半左右。由此，本应该外加碱源才能顺利进行硝化的污水，可以不再需要加碱。
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