在一个以生物处理法为主的工业污水处理系统中微生物菌种的投加必不可少。然而值得注意的是微生物菌种对环境有一定的要求，不同微生物的要求不同，常常从水质浓度、波动、pH值、溶解氧、温度、可生化性等方面进行控制。
一、负荷
水质浓度表现在负荷上，微生物反应器的负荷应控制在合理范围内。
二、溶解氧（DO）
溶解氧对于好氧微生物来说较重要，好氧微生物以分子氧作为生物氧化过程的电子受体，废水中溶解氧过低，会抑制微生物的有氧呼吸，溶解氧过高会使污泥自身氧化、解体，是水质恶化，因此，好氧微生物菌种投加的溶解氧应控制在2mg/L左右。
对于厌氧微生物来说，其生长不需要分子氧的参与，有分子氧的存在时反而会抑制其生长，因此厌氧微生物也需要为其创造无氧的环境条件。
兼性厌氧菌种是在有氧和无氧条件下均能生长，在有氧时进行好氧呼吸，无氧时代谢中间产物进行发酵作用。
三、温度
温度会影响酶催化、基质扩散到细胞的速率，温度过高过低都会抑制微生物的生长，好氧微生物在15-30摄氏度之间活动旺盛，厌氧微生物在35或55摄氏度时活动旺盛。在冬季运行时应注意保温。
四、pH值
pH值也是会影响代谢过程中酶活性的一个指标，不同微生物pH值使用范围不同，超出这个范围会引起微生物死亡。因此投加菌种时应注意所投加的菌种pH耐受值是多少，切忌盲目投加。
五、可生化性
废水的可生化性表现在是否营养均衡和有否有抑制物质这两个方面。无论好氧还是厌氧微生物，其细胞组成都由C、H、O、N、P、S、K、Mn、Mg等元素构成，缺少其中一种元素都不能使微生物进行有效的生理活动，因此，常常需要向废水中投加微生物缺乏的营养物质。缺少氮可以投加尿素、硫酸铵农用化肥。废水中具有有毒有害、抑制微生物生长的物质，就需要慎重进行选择、投加菌种，绝大部分工业有毒化工废水可生化性较低，通常需要采用毒性阈值较高的菌种进行处理。
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