制药废水的理方法有物化处理、化学处理、生化处理以及多种方法的组合处理等被广泛应用在制药废水的处理过程中，每种处理方法都具有各自的优势及不足。混凝、气浮、吸附、氨吹脱、电解、离子交换和膜分离法等。
被称为物化处理方法；铁炭法、化学氧化还原法（Fenton试剂、H2O2、O3）、深度氧化技术等方法被称为化学处理方法；好氧生物法、厌氧生物法、好氧-厌氧组合方法是生化处理方法。
吸附处理法中主要吸附剂有树脂类、腐殖酸、矿山尾料等。制药厂家使用某吸附材料与生化工艺联合处理，并获得较好效果的案例屡见不鲜。
反渗透方法、纳滤或纤维膜法都可以归纳为膜分离法。这种方法可以有效控制有机物的排放指标同时对有机物质进行回收利用，不但对总量进行控制，还可以根据处理对象的大致成分，进行单一物质的去除，收效明显。设备操作不复杂、简便易掌握，不易发生化学变化，相比之下，对目标对象的处理能力强、能源消耗小。
若选择脱色效果好、便于操作的处理方法应该电解法。现阶段已有许多此类方法的研究成果，其脱色和降低废水指标的能力较高。对于高浓度制药废水需要预处理的情况，可以选用铁碳法，预处理可以大大增加出水的可生化性。当需要去除废水中难降解少量有机物时，建议选用芬顿法，这种方法可以对许多生化法无法去除的难降解物质进行有效控制。Fenton法的应用也渐渐扩展了催化剂的范围，由此处理效果也大大增强。氧化法成功的运用了声、光、电、磁等学科知识，创造性地拓展了此项技术，如光催化、超临界水氧化、超声处理法、电化学法等。
发展前景和处理效果具有优势的技术是紫外光催化氧化技术。这种方法对不饱和烃具有较好的处理效果、对处理条件和废水水质适应性好。而超声波方法对有机物的针对性处理有优势，对设备的要求不高。因此，那些新型、洁净、选择性强的处理方法越来被研究者重视和深入探索。对于高浓度、难处理的制药废水来说，直接生化处理效果差、消耗大，建议使用生物法进行预处理后，联合其它处理方法为佳。常用的好氧生物处理方法包括活性污泥法、深井曝气法、吸附生物降解法(AB法)、接触氧化法、序批式间歇活性污泥法(SBR法)、循环式活性污泥法（CASS法）等。
对于高浓度制药废水而言单独使用厌氧法处理，不能从整体上控制水质，与好氧生物结合，根据实际情况增减联合环节可强化处理效果。对厌氧法的灵活应用技术也不断出现，如高效厌氧反应器的升级与应用。应用过程中比较有效的方法有厌氧复合污泥床技术、厌氧折流板反应技术等。在实际应用中，多使用联合工艺如厌氧—好氧—厌氧技术，水解酸化—好氧—芬顿法等，根据不同需要和废水实际，对各工艺环节进行有效处理，提高废水的可生化性、处理效果，体现了高效、低成本、稳定性高等优势。
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