制药废水因为其高浓度、有毒、有害、难生化降解的特点，制药废水处理方法在生化处理前进行必要的预处理，将废水中对活性污泥微生物有毒成分去除，并采取必要的方法提高废水的可降解性，使废水有效的处理。制药废水常用的处理方法大多为：物化法、化学法、生物法等。
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制药废水处理方法物化法主要有混凝沉淀法、气浮法、吸附法和吹脱法等；化学法主要有混凝法、Fe-C处理法、Fenton试剂法、深度氧化法、湿式氧化法、超临界氧化法等；生物法主要有序批式间歇活性污泥法（SBR法）、普通活性污泥法、生物接触氧化法、上流式厌氧污泥床法（UASB法）、复合式厌氧反应器等。但物化法的不足之处为：会产生大量的污泥，出水pH值较低，含盐量高，氨氮的去除率较低等。化学法的缺点为：会产生大量化学污泥，流程复杂，出水不能直接排放等。生物法的缺陷表现在：废水需要大量稀释，运行中泡沫多，易发生污泥膨胀，剩余污泥量大，去除率不高，常必须采用二级或多级处理。
制药废水种类繁多，属于高浓度有机废水，水中含有大量的高浓度、大分子，因此选择什么样的治理技术路线取决于废水的性质。制药废水普遍具有浓度高、色度深、可生化性较差的特点，一般都是通过预处理以提高废水的可生化性和初步去除污染物，再结合采用生化方法处理。虽然传统的处理方法很多，各有优缺点，但在实践中发现，单独使用任何一种制药废水处理方法，均不能使出水水质达到国家排放标准。
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