制药废水处理难点在于废水中的某些毒理成分能抑制微生物的生长，进一步降低废水的可生化性，使出水不符合排放标准。因此，提高可生化性是制药废水处理过程中面临的首要问题，常用的制药废水处理技术有以下几种。
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1、混凝沉淀法
废水中大量颗粒物及大分子有机物往往以胶体的形式稳定存在，通过加入交联剂和混凝剂，中和胶体的zeta电位，使得胶体粒子脱稳，进而在交联剂的网捕和架桥作用下凝聚成团，通过重力沉降去除。常用的混凝剂主要有铝盐、铁盐、聚丙烯酰胺、纳米纤维等，主要是去除废水中分散的乳油、胶体颗粒及一些能与混凝剂起作用的大分子溶质，在废水处理中往往用作前处理。
2、活性炭吸附法
制药废水处理技术中活性炭是一种多孔碳质吸附材料，具有巨大的比表面积和高度发达的孔隙结构。它的吸附机理是以物理吸附为主，同时化学吸附也在起作用，可有效的去除废水中的有机物、重金属、色度、消毒副产物、臭味、农药等。
3、 Fenton试剂法
Fenton试剂是由H2O2和Fe2+混合的一种强氧化剂，它通过催化分解H2O2产生的OH·自由基进攻有机物分子夺取氢，将大分子有机物降解为小分子有机物，或矿化为CO2和H2O等无机物。Fenton法对很多难降解物质都有很好的处理效果，包括芳胺类、芳烃类、酚类、农药及核废料等，对多种有机工业废水都有较好的处理效果。
4、光催化氧化法
制药废水处理技术中光催化氧化反应是以半导体为催化剂，以光为能量，将有机物降解为CO2、H2O、PO43-、SO42-、NO3-及卤素离子等无机小分子物质，氧化能力强，降解率高，能耗低，无二次污染。
5、生物处理法
制药废水处理技术中生物处理法是利用微生物的生命活动来代谢废水中的有机物从而达到净化目的的过程。生物处理技术在去除废水中呈溶解状和胶体状有机物的效率较高，己经成为生活污水和工业废水治理的主要手段。生物处理技术包括好氧技术和厌氧技术，主要有曝气生物滤池、生物接触氧化法、生物流化床、上流式厌氧污泥床法（UASB法）等。
6、膜生物反应器
制药废水处理技术中膜-生物反应器（MBR）是一种将膜分离技术与传统污水生物处理技术有机结合的新型废水生物处理技术。它是利用膜分离装置将生化反应中的活性污泥和大分子有机物质有效截留，通过控制反应器水力停留时间和污泥停留时间，增加曝气池活性污泥的浓度，提高生物的降解速率，对难降解的食品、制药、石化、印染废水有较好的净化效果。
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