物化处理不仅可作为生物制药废水处理工序的预处理，有时还可作为医药废水的单独处理工序或后处理工序。在医药废水处理中采用的物化法有很多，因不同的制药废水而不同。
（1）气浮法
将空气以微小气泡的形式通入含有疏水性物质(如乳化油或相对密度近于1.0的细小悬浮颗粒)的水中，使粘附在气泡上的污染物随气泡上浮至水面，从而达到与水体分离的目的。通常包括充气气浮、溶气气浮、化学气浮和电解气浮等多种形式。气浮法适用于悬浮物含量较高的废水的预处理，具有投资少、能耗低、工艺简单、维修方便等优点，但不能有效地去除废液中可溶性有机物，尚需其它方法作为进一步的处理。某制药厂采用涡凹气浮设备处理医药废水，在适当的药剂配合下，COD的平均去除率可在25%左右。
（2）吸附法
利用多孔性固体吸附剂，使水中一种或多种物质被吸附在固体表面上，从而予以回收或去除的方法称为吸附法。吸附剂的种类很多，有活性炭、活化煤、吸附树脂以及腐殖酸类吸附剂等。某制药公司采用炉渣-活性炭吸附来处理医药废水，处理后废水COD浓度大幅度削减至75%，效果显著，而且投资小、操作方便。
除了上述几种常用的物化处理方法外，某些生物制药废水还采用反渗透法和吹脱法等。反渗透法可实现废水浓缩和净化的目的，吹脱法可降低氨氮含量。也可用离子交换、膜分离、萃取、蒸发与结晶、磁分离等。
综上所述，使用单一的工艺处理生物制药废水很难使废水达标排放，所以需要利用各个工艺的优势进行组合，以达到处理效果。
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