生物工程类制药是指利用微生物、寄生虫、动物毒素、生物组织等，采用现代生物技术方法生产作为预防、治疗、诊断等用途的药品。生物工程类制药可分为发酵工程制药、细胞工程制药、蛋白质与酶工程制药、基因工程制药四类，其中以发酵类制药的作用及影响大。生物制药的各类废水都存在各自明显的特点，但其废水量一般水量小，污染物浓度中等，主要是对特征污染物的控制。
1、生产工艺废水：如发酵、提纯工序所产生的废液或残余液，对发酵罐及其用具的洗涤废水等，药物残留量大，是废水COD的主要来源；
2、实验室废水：实验室废弃的含有致病菌的培养物、洗涤水、料液以及各种传染性物质的废水、血液等对生物有害的废水；
3、实验动物废水：包括动物解剖废水、洗涤废水及消毒水，实验房、笼具等清洗废水；废水中含有动物毛发、血液、尿、粪等。
1、由于生物制药废水安全性问题，企业应在生产上加强的管理，减少污染物排放；
2、生物制药废水的特征污染物种类较多，如甲醛、挥发酚、乙腈等，对微生物均有毒害作用。
目前生物制药废水一般采用物化法、生化法、物化法+生物法联用，考虑到废水中可能残留活性菌种，建议在后端增加消毒工艺。由于厌氧微生物对毒害物质的耐受力更强，且能够直接处理高浓度的有机废水，而好氧微生物能够去除厌氧残留的有机物，因此生化法可采用厌氧法+好氧法联合处理。
其次，发酵类制药废水浓度一般较高，当水量较少时，可作为危废交由有资质单位进行处理，或者与其它低浓度废水调节后进行处理。
