在制药行业的各类污水中，原料药是污染物含量较高的一种，由于原料药的生产以化学合成为主，废水中溶入了绝大部分生产原料的成分，使废水污染物浓度高，成分复杂，处理难度大。
原料药废水主要来源于生产车间的工艺用水、药物反应废水、设备及场地清洗水等。其污染物可根据生产原料药的种类的产生变化，主要污染物指标为COD，来自工艺用水及反应废水，COD浓度可高达几万～十几万mg/L，对于部分种类原料药废水，可能含有总氮及盐类等。
1、由于原料药废水成分众多，在废水混合的过程中还能产生新产物，大大提高了废水的处理难度；
2、污染物排放情况与生产原料、生产工艺息息相关，当企业更换生产产品或改变生产工艺时，往往需要对污水进行重新调试甚至增加新的处理工艺；
3、废水中不仅含有毒害物质，其含盐量对微生物的生长亦有抑制作用，使废水的可生化性差，生化处理效果不理想。
对于难降解的高浓度有机废水，一般需采取预处理措施，在去除部分有机物的同时，提高废水的可生化性，降低生化处理的负荷，再采用经济高效的生化手段，一般为厌氧法+好氧法进行处理，出水需经深度处理才可达标排放。
废水的预处理如混凝沉淀、气浮、铁碳微电解及深度氧化技术等工艺的结合，纯物化工艺主要去除废水的不溶性有机物，物理化学法则用于提高废水的可生化性，降低生化水池处理负荷。
生化处理的厌氧法一般采用技术成熟的UASB进行处理，对高浓度有机废水的去除率高，去除效果稳定，好氧法则采用多级接触氧化工艺，多级接触氧化工艺是多功能的，废水浓度在接触氧化池终呈现阶梯度的变化，对废水的氨氮亦有去除效果。
